En 2012, les dirigeants de l’Elan Chalon le font intégrer le groupe professionnel pour jouer en Pro A (la première division française), qui joue également l’Euroleague. En décembre de la même année, c’est face à Malaga, un des meilleurs clubs espagnols, que Clint Capela effectue sa première grande performance professionnelle. Un double-double (12 points, 12 rebonds) pour ouvrir les yeux des recruteurs de NBA qui se s’intéressaient à lui depuis quelques temps déjà. Dès la saison 2013-2014, il devient le pivot titulaire de Chalon et l’ambition de traverser l’Atlantique se fait de plus en plus concrète à mesure que les bons matches s’enchaînent.
Après un championnat réussi avec le titre de meilleur jeune de la ligue et celui de MIP (joueur ayant le plus progressé), Clint Capela décide de s’inscrire à la draft 2014. Sélectionné au 25e choix par les Houston Rockets, il rejoint une franchise en pleine ascension et y effectue ses grands débuts en novembre 2014. Après une première année d’apprentissage aux côtés de la légende Hakeem Olajuwon, il commence son envol dès la saison 2015-2016 avec près de 20 minutes par match. Grâce à ses bonnes performances, il est sélectionné pour disputer le match des espoirs dans le cadre du All-Star Game.
Mais c’est surtout lors de l’exercice 2016-2017 que Clint Capela s’est fait un nom dans la ligue. Devenu pivot titulaire au Texas, le Genevois a vu son potentiel offensif exploser alors que son impact défensif a toujours été aussi précieux pour les Rockets. Sa moyenne franchit pour la première fois les dix points avec 12,6 unités par rencontre. Si le succès n’est pas présent en play-off (élimination en demi-finale de Conférence), cette saison était bien celle de la confirmation. Lors de l’exercice suivant, Clint Capela termine à la seconde place du classement du joueur ayant le plus progressé. Ce rang honorifique vient couronner sa saison terminée avec un double-double de moyenne (13,9 points et 10,8 rebonds). En playoffs, sa production a conservé la même régularité et seul Golden State, dans un septième match de finale de Conférence asphyxiant, a réussi à freiner les Houston Rockets sur le chemin du titre NBA.